1. Dział Administracyjno-Gospodarczy;
2. Dział Naukowo-Edukacyjny, w którego skład wchodzą:
   a. Pracownia Naukowa,
   b. Ośrodek Edukacji Przyrodniczej;
3. Dział Finansowy;
4. Dział Udostępniania Parku, w którego skład wchodzi Muzeum Przyrodniczo-Leśne;
5. Zespół do spraw Ochrony Przyrody;
6. Redakcja Księgi Rodowodowej Żubrów;
7. Posterunek Straży Parku;
8. Samodzielne Stanowisko do spraw Kadr i Płac;
9. Samodzielne Stanowisko do spraw Przeciwpożarowych i BHP;
10. Samodzielne Stanowisko do spraw Obsługi Prawnej;
11. Samodzielne Stanowisko do spraw Zamówień Publicznych;
12. Obręb Ochronny Rezerwat, podzielony na obwody ochronne:
   a. Gruszki,
   b. Zamosze,
   c. Masiewo,
   d. Cupryki,
   e. Sierganowo,
   f. Dziedzinka;
13. Obręb Ochronny Ośrodek Hodowli Żubrów, podzielony na:
   a. hodowlę zamkniętą (rezerwatową),
   b. hodowlę wolną.”